作用原理：聚丙烯酰胺凝胶具有网络结构和分子筛效应。它有两种形式：天然聚丙烯酰胺凝胶和变性聚丙烯酰胺凝胶。

在蛋白质的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳中，蛋白质可以保持完整，并根据蛋白质的分子量、蛋白质的形状和附着在其上的电荷量在梯度上逐渐分离；在非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳中，脱氧核糖核酸以双链状态迁移，其流动性受碱基组成和序列的影响。

在变性聚丙烯酰胺凝胶电泳中，蛋白质变性剂——通常是SDS(SDS-PAGE)，核酸变性剂通常是尿素、甲酰胺等。所以它的分离只取决于分子量。蛋白质的SDS-PAGE技术是沙博理在1967年首次建立的。他们发现，在样品介质和丙烯酰胺凝胶中加入离子洗涤剂和强还原剂(SDS是十二烷基硫酸钠)后，蛋白质亚基的电泳迁移率主要取决于亚基的分子量(电荷因子可以忽略不计)。

Acr聚合只能在自由基存在的情况下发生，这需要催化诱导剂系统来产生自由基，如过硫酸铵-temed(四甲基乙二胺)和核黄素-temed。前者经历化学聚合，而后者经历光聚合。在化学聚合过程中，引发剂TEMED加速了过硫酸铵自由基的形成，使Acr单体转化为自由基态，导致聚合。溶液的酸碱度对聚合很重要，因为如果酸碱度太低，没有足够的碱来加速催化反应，太多的氧分子会很快停止聚合。因此，当制备凝胶时，在加入过硫酸铵之前，必须除去混合物中的空气。核黄素催化的聚合常用于制备浓缩凝胶，因为用这种方法制备的凝胶孔径较大。核黄素在光照射和微量氧存在下产生自由基聚合Acr。

聚丙烯酰胺凝胶电泳是以聚丙烯酰胺凝胶为载体的一种区域电泳。凝胶由丙烯酰胺和交联剂N，N-亚甲基双丙烯酰胺聚合而成。聚丙烯酰胺凝胶电泳利用电泳和分子筛的双重作用来分离物质。

当Acr和Bis单独存在或混合存在时，它们是稳定的，但是当它们具有自由基体系时，它们可以聚合。引发自由基团有两种方法：化学方法和光化学方法。化学法的引发剂为过硫酸铵(Ap)，催化剂为四甲基乙二胺(Temed)。光化学法用核黄素代替过硫酸铵作为光敏物质，在紫外线照射下引发自由基。使用不同浓度的Acr、Bis和a

TEMED将它们聚合成不同孔径的凝胶。因此，可以根据分离物质的大小和形状选择凝胶浓度。

聚丙烯酰胺凝胶电泳可分为两种类型：圆盘电泳和垂直平板电泳，但它们的原理完全相同。垂直板状因其薄板、冷却、高分辨率、操作简单、便于比较和扫描等优点，被大多数实验室采用。